再者，腸病毒、黴漿菌仍持續在小孩子之間流行。黃立民說，因為剛開學，學童彼此接觸減少，因此開學第一個月腸病毒威脅較大，病例增加快速。根據疾管署預估，腸病毒疫情高峰已到，但是高點會持續到中秋節前後，上周腸病毒就診人次約1.4萬人次，為5年同期最高。
黃立民提醒，開學第一個月過後，雖然腸病毒疫情可能會趨緩，但是流感、新冠等呼吸道疾病可能造成第二波威脅，家長除了提醒孩子配戴口罩、勤洗手外，也可以打疫苗預防感染。新冠疫苗及流感疫苗2項公費都將在10月1日開打。另外，腸病毒亦有自費疫苗可以接種。
5歲以下嬰幼兒為腸病毒重症高危險群，且重症病程發展快速。疾管署提醒，家中嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，請注意觀察是否出現重症前兆病徵，如發現有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力或麻痺、肌抽躍（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）、持續嘔吐與呼吸急促或心跳加快等腸病毒重症前兆病徵，請儘速送到大醫院接受治療。
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