疾管署預估1月下旬疫情正式進入流行期，發言人林明誠提醒，尾牙聚會及春節連假旅遊頻繁，疾病傳播風險高。疾管署自今年1月1日起擴大提供公費新冠疫苗給全國滿6個月以上尚未接種民眾，期限至2月28日止。
疾管署說明，現行提供接種的莫德納 LP.8.1及Novavax JN.1疫苗均安全有效，對目前新冠病毒主流變異株都具保護效果，呼籲尚未接種新冠疫苗者把握1月1日至2月28日擴大接種期間儘速前往接種。
截至今年1月12日，公費流感疫苗接種數約664.8萬人次，全台疫苗尚餘約17.9萬劑，新冠疫苗接種累計約159.8萬人次，其中Novavax疫苗接種約4.1萬人次。
依據疾管署監測資料顯示，今年第1週類流感門急診就診計91,842人次，較前1週上升9.6%。近7日新增23例流感併發重症病例，包括3例H1N1、19例H3N2、1例B型，以及3例死亡病例均為H3N2。實驗室監測資料顯示，目前社區中流行的呼吸道病原體以流感病毒為主，其中以A型H3N2為多，其次為B型及A型H1N1。
本流感季累計441例重症病例，包括118例H1N1、317例H3N2、1例A未分型、5例B型，以及86例死亡，包括24例H1N1、60例H3N2、1例A未分型、1例B型。重症病例以65歲以上長者占64%及具慢性病史者占83%為多，88%未接種本季流感疫苗。全球流感活動度上升，鄰近國家日本、韓國近3週呈下降趨勢但仍處流行期，全球主要流行型別為A（H3N2）。
疾管署說明，新冠疫情目前處低點波動，第1週新冠門急診就診計1,081人次，較前一週上升23.8%，近期趨勢持平，主流變異株為NB.1.8.1。上週新增4例新冠併發重症本土病例，無新增本土病例死亡。2025年10月起累計53例新冠併發重症本土病例，其中6例死亡，重症病例以65歲以上長者占64%及具慢性病史者占83%為多，94%未接種本季新冠疫苗。
全球近期新冠病毒陽性率下降，鄰近國家大陸、香港、日本、韓國疫情皆略為上升但整體仍處低點，美國疫情持續上升，德國疫情呈下降趨勢。目前全球流行變異株以XFG占比最高，其次為NB.1.8.1，鄰近國家如中國、香港、日本及韓國以NB.1.8.1占比為高。
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