隨著10月連續假期來臨，民眾出遊與聚餐活動增加，各類傳染病傳播風險提高。統計顯示，今年公費流感及新冠疫苗接種人數已突破去年同期紀錄，疾管署將增購20萬劑流感疫苗，預計11月上旬配送完成。
根據疾管署監測數據，2025年第41週（10月5日至11日）類流感門急診就診人次達137,988人次，較前週下降10.2%，降幅主要受連假門診休診影響。目前社區中以A型H3N2流感病毒為主要流行病毒株，其次為A型H1N1及B型。同期間新冠門急診就診人數為1,659人次，較前週下降16.7%，主流變異株為NB.1.8.1。
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在全球疫情方面，日本已於10月3日宣布進入流感流行期，較去年提早5週，香港則處於高峰期，兩地主要流行病毒株皆為A型H3N2。新冠疫情方面，除歐洲及東地中海地區外，全球各區域病毒陽性率均呈上升趨勢，其中澳洲、柬埔寨、菲律賓、韓國、英國及日本的疫情均呈現上升或處於高點狀態。
腸胃道傳染病監測顯示，第41週全台腹瀉門急診就診人數為126,982人次，較前週133,843人次有所下降。近四週共通報58起腹瀉群聚案件，以餐飲旅宿業最多，其中24起檢出病原體，諾羅病毒占66.7%，為最主要致病原。
疾管署表示，截至10月14日，今年新冠疫苗接種人數已達56.2萬人次，較去年同期37.9萬人次增加近1.5倍；流感疫苗接種數約212萬人次，較去年同期156.9萬人次成長1.35倍。
考量近期流感疫情風險仍高，已著手採購額外20萬劑流感疫苗，扣除花蓮縣光復鄉災區預撥需求後，將依各地方政府計畫需求比例分配。
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