疾管署規劃讓第一類及第五類法定傳染病感染者在隔離期間可請公假，引發家長團體高度關注。國教行動聯盟理事長王瀚陽表示，幼兒園及國小家長最常面臨腸病毒與流感等傳染病，一旦學童感染或班級群聚，家長往往必須臨時請假照顧，期盼未來修法能一併納入討論。
根據《中時新聞網》報導，王瀚陽指出，腸病毒流行期間，有家長因反覆請假照顧學童，遭到公司認定影響工作而影響考績。政府除處理可請公假的疾病類別外，應與勞動部及企業共同討論提供家長彈性照顧假，企業可透過不列入全勤考核與不影響績效等方式，或由政府提供補貼，給予家長足夠支持。
台大兒童醫院前院長、感染科醫師黃立民表示，若政府基於防疫必要性限制民眾行動，應給予相對應的薪資或補償。但他強調，並非所有傳染病都需要強制隔離，例如同屬第一類傳染病的狂犬病不會透過人傳人傳播，即無長時間隔離的必要。
針對腸病毒與流感，黃立民認為病例數量龐大，且實際狀況不需要政府以法律強制長時間隔離。以腸病毒為例，目前多由學校、幼兒園或托嬰中心依防疫規範辦理停課、請假或健康管理，並非疾管署強制要求。
台大公衛學者陳秀熙認為，新冠肺炎與腸病毒等已進入社區流行階段，防疫重點在於降低大規模流行而非全面隔離。流感因傳播模式不同，不適合採取相同隔離措施；麻疹雖可能需要隔離兩週，但已有疫苗防護，防疫策略亦有所不同。
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