疾管署指出，今年度公費流感與新冠疫苗分2階段開打，第1階段於10月1日起開打，第2階段自11月1日開始，開放50至64歲無高風險慢性病成人接種流感疫苗，並全面開放6個月以上民眾接種新版JN.1新冠疫苗；另為提升新冠疫苗接種便利性，疾管署已於9月23日發文週知，10月1日起陪同第1階段實施對象接種流感或新冠疫苗的民眾，如符合第2階段新冠疫苗實施對象，醫療院所及衛生所也可於當下同時提供該位民眾接種新冠疫苗，不受11月1日第2階段開打限制。
衛福部長邱泰源呼籲，今年度政府提供約643萬劑四價公費流感疫苗及約550萬劑新版JN.1新冠疫苗；因流感及新冠病毒變異相當迅速，每年流行病毒株有所不同，過往接種過的疫苗保護力約可維持1年，建議民眾每年均須接種當年度疫苗，才能獲得最佳防護力。
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