新冠走入後疫情時代，兩大感染醫學會憂心「抗生素抗藥性疫情」風暴隱然成形。專家指出，一旦染疫合併感染抗藥菌，住院時間可能延長二至三倍，若抗藥性問題持續惡化，未來包括化療、幹細胞移植治療等都可能受到衝擊。國外研究發現，近三成醫師認為五年內癌症治療選擇就可能因抗藥性而受限。
衛福部疾管署長莊人祥表示，抗生素抗藥性是全球都重視議題，不只造成病程延長也衝擊經濟，預估全球ＧＤＰ將減少百分之二至三；二○五○年推算台灣每年有三萬三千人死於抗藥性病菌感染，相當於肺癌、肝癌、腸癌、乳癌、攝護腺癌與口腔癌等前六大致命癌症造成的死亡總和，經濟損失達五千兩百億元，醫療支出九百億元。
研究顯示，自二○二○年初新冠疫情爆發後，部分抗藥性細菌盛行率暴增約兩倍。林口長庚兒童感染科教授邱政洵說，對比二○一三年與二○二二年，我國醫學中心與區域醫院加護病房抗藥性百分比持續上升，以克雷伯氏肺炎菌ＣＲＫＰ（ＫＰ菌）為例，醫學中心從百分之十四點八上升到百分之卅八點四，區域醫院則從百分之十二上升到百分之四十八點九。
邱政洵先前收治一名五十一歲婦女，因感染新冠雙側肺浸潤住院，卻又先後感染綠膿桿菌及ＫＰ菌，一度出現敗血症、腎功能低下等，所幸使用後線抗生素才脫險。
社區中也有抗藥性細菌風險，邱政洵指出，日前一名十二歲男童因右臀部疼痛和間歇性發燒就醫，發現感染多重抗藥性金黃色葡萄球菌，經一個月藥物及手術治療才出院。
台灣感染症醫學會理事長王復德以棒球賽譬喻抗生素與抗藥性的關係。他說，投手相當於「抗生素」，打擊者就像「細菌」，如果比賽一直使用同一個投手，投手習性會被打者摸熟、能力就會變弱。
王復德說，造成抗藥性疫情升溫的原因，包括民眾未依照醫囑使用，醫療院所未落實感染管制、抗生素未合理使用，研發速度趕不上細菌變異，再加上政策不利抗生素取得、給付不利感染專業人力充實，都讓抗生素抗藥性更加嚴重。
